Die Johanneskirche ist vermutlich das älteste Gebäude des heutigen Gemeindegebiets von Freistadt. Während im benachbarten Lasberg bereits 1125 ein Adalbero von Griesbach seine Kirche dem Stift St. Florian schenkte wurde das Gebiet von Freistadt zwischen der Jaunitz und der Feldaist erst 1142 erstmals urkundlich erwähnt. Im Zuge der Rodung des Nordwaldes, welcher sich damals zwischen Passau im Westen, Perg im Osten und Böhmen im Norden erstreckte, installierten die einzelnen Rodungs-Geschlechter Kirchen zur Christianisierung.
Neben den Taufkirchen St. Johann am Wimberg (urk. 1111) und St. Johannes in Reichenau (urk. 1152) könnte zu dieser Zeit auch bereits die Johanneskirche in Freistadt entstanden sein. Damals war die Immersionstaufe verbreitet, bei der man den ganzen Körper in das Wasser tauchte. Nahe der Johanneskirche gab es damals einen Teich sowie einen passenden Stein, welche für Taufzwecke Verwendung gefunden haben dürften.
Eine Begutachtung der Bausubstanz durch Benno Ulm zeigte, dass ein Teil der Kirche bereits um 1220 als steinerner romanischer Bau bestanden hatte. Ob es davor auch eine Holzkirche wie in St. Michael gegeben hat müsste durch archäologische Grabungen geprüft werden.
Urkundlich wird die Johanneskirche das erste Mal 1378 erwähnt, als Katharina Ulrich, des Angrers Witwe eine Stiftung zu St. Johann zum Licht und den Sondersiechen macht. 1381 wird die Schenkung der Kirche an Hans Taschner von Herzog Albrecht urkundlich bestätigt. Hans Taschner baut die Kirche im gotischen Stil aus und stiftet sie im Jahr 1385.
Hier sind nochmals das Siechenhaus und ein Friedhof erwähnt. à Ein Siechenhaus war damals eine Art Krankenhaus für sehr schwer, oder unheilbar Kranke Menschen.
Um diese Zeit gab es in Freistadt auch die Spitalskirche zu unseren lieben Frau und nebenbei das Bürgerspital außerhalb der Stadtmauern. Nachdem dieses Spital von den Hussiten im Jahr 1422 zerstört wurde, dürfte es neben der Johanneskirche neu errichtet worden sein. Als 1559 ein Hans Lantzendorfer den nächsten Ausbau der Johanneskirche als Baumeister durchführte wurde bereits eine „Sandt Johanns Im Spidal Raittung“ genannt. Davor im Jahr 1516 bekam die Kirche eine gotische Glocke, welche leider dem Weltkrieg zum Opfer fiel.
Erst Mitte des 17. Jahrhunderts wurde 1661 vom Magistrat Freistadt die Kirche erneut renoviert, eine Inschrift und der Dachreiter tragen die Jahreszahlen. Im Jahr 1710 wurde gegenüber das Bürgerspital neu erbaut. 1745 ließ Ferdinand Zauner die Kirche die Kirche renovieren und mit Secco-Malereien verzieren. Es wurde eine Orgel vom bekannten Freistädter Orgelbaumeister Lorenz Franz Richter installiert.
Am 20. Juli 1789 fiel die Johanneskirche gleich dem Kapuzinerkloster der Josephinischen Reform zum Opfer. Die Altäre kamen vermutlich in die Pfarrkirche Weitersfelden, die Orgel in den Chor der Stadtpfarrkirche Freistadt. Die Johanneskirche wurde als Pferdestall, Futterkammer, sowie für die Obduktion von Leichen verwendet.
Erst 67 Jahre später kam ein wohlhabender Freistädter um die Kirche zu retten. Der Landtagsabgeordnete und Bürgermeister von Freistadt, Kaspar Schwarz aus Lasberg kauft sich 1832 das Haus Pfarrgasse 20 und eröffnet eine Spezerei-, Material- und Schnittwarenhandlung. Er gründet die Sparkasse in Freistadt, eröffnet eine Volksschule, sowie das Gymnasium. Sein Vermögen investiert er in Immobilien, kauft sich eine Brauerei in Weinberg, eine Landwirtschaft in St. Oswald und schlussendlich 1856 die Johanneskirche.
1857 wird die Kirche von Bischof Rudigier eingeweiht und sie erhält von Papst Pius IX mehrere Privilegien. 10 Jahre später 1867 lässt Kaspar Schwarz eine Familiengruft inmitten der Kirche errichten. Noch heute sind er und seine Familie dort aufgebahrt.
